Βρίσκεται σε ένα μαγευτικό φυσικό περιβάλλον, λίγο έξω από την Νάουσα στον δρόμο προς το Γιαννακοχώρι και το Ροδοχώρι, μετά το Κουκούλι ενώ απέχει 4 χιλιόμετρα από την Νάουσα, από τον δρόμο που ξεκινάει από την Πυροσβεστική της Νάουσας προς το χιονοδρομικό κέντρο 3 – 5 Πηγάδια και λίγο παρακάτω διακλαδίζεται δεξιά προς Γιαννακοχώρι. Το Καθολικό της Μονής είναι κτίσμα του 19ου αιώνα και ανήκει στον τύπο της τρικλίτου σχιστοπλακοσκεπούς θολοσκεπούς βασιλικής μετά τριών τρούλων, μιας παραλλαγής ενός τύπου διαδεδομένου στα χρόνια της τουρκοκρατίας σε πανελλήνια σχεδόν κλίμακα, ιδιαιτέρως δε στο χώρο της Μακεδονίας. Οριζοντιογραφικώς, διαμορφώνεται σε τρεις ιδιαίτερους χώρους, τον υπερυψωμένο κατά 1,35 μέτρο νάρθηκα, τον κυρίως ναό και το Ιερό Βήμα. Η περιμετρική τοιχοποιία του ναού είναι πωρολιθοδομή πάχους 1 μέτρου, εκτός του νάρθηκος, του οποίου το πάχος δεν υπερβαίνει τα 70 εκατοστά. Μοναδική αψίδα που προεξέχει είναι αυτή του Ιερού Βήματος, η οποία εξωτερικώς κοσμείται με επτά περίτεχνα τυφλά αβαθή αψιδώματα.
Επάνω από τη δυτική είσοδο δημιουργείται αβαθής κόγχη, στο τύμπανο της οποίας υπάρχει φορητή εικόνα της αποτομής της τιμίας κεφαλής του Αγίου Ιωάννου του Προδρόμου. Στην αντίστοιχη κόγχη της νότιας πλευράς, υπάρχει η σύγχρονη εικόνα της Βαπτίσεως του Χριστού. Εξωτερικά διακρίνονται ανάγλυφες παραστάσεις σταυρού και ρόδακος (δυτική είσοδος), σταυρού και δικεφάλου (βορειοανατολική γωνία) και δικεφάλου (κόγχη Ιερού Βήματος). Ο Ναός έχει τρεις εισόδους με χαμηλά ανοίγματα, όπως συνηθιζόταν την εποχή εκείνη. Εσωτερικά, ο Ναός χωρίζεται σε τρία κλίτη με πέντε ζεύγη κιόνων και πεσσών και τα λιγοστά ανοίγματα αφήνουν λίγο φωτισμό, δημιουργώντας έτσι μία ιδιότυπη «μυστική» ατμόσφαιρα.
Το μοναδικό σημείο του Καθολικού που βρέθηκε αγιογραφημένο ήταν η κόγχη της προσκομιδής με θέμα την «Άκρα Ταπείνωση», αλλά με επιγραφή «Επιτάφιος Θρήνος», με χρονολόγηση 18 Απριλίου 1861, γεγονός που αποτελεί ένδειξη ότι το Καθολικό ήταν ιστορημένο με μεταγενέστερη κάλυψη των αγιογραφιών. Αν και η παλαιότερη γραπτή μαρτυρία περί της υπάρξεως της Μονής ανάγεται στο έτος 1785, είναι βέβαιο πως η Ιερά Μονή προϋφίσταται της χρονολογίας αυτής, όπως υποδηλώνεται από απλές αναφορές παλαιότερων αλλά και νεότερων μελετητών, από την ισχυρά παράδοση, καθώς και από τη χρησιμοποίηση υλικών παλαιότερων εποχών για την οικοδόμηση του Καθολικού της Μονής.
Η εμφάνιση της οσιακής μορφής του Αγίου Θεοφάνους του εξ Ιωαννίνων (πολιούχου της Ναούσης) κατά τον 14ο αιώνα η σύνδεσή του με την Ιερά Μονή του τιμίου Προδρόμου της Σκήτης της Βεροίας, αποτελεί ερέθισμα για πιθανή σχέση του και με την ίδρυση της ομώνυμης Μονής στη Νάουσα.
Μέσα στην πόλη της Ναούσης υπάρχει το ναΰδριο του Τιμίου Προδρόμου, το οποίο αρχικώς ήταν μετόχιο της Ιεράς Μονής του Τιμίου Προδρόμου. Η ανέγερσή του πιθανολογείται στο 1715, στοιχείο που υποδηλώνει την ακμή της Ιεράς Μονής προ της χρονολογίας αυτής. Από την γραπτή μαρτυρία που προαναφέρθηκε (του έτους 1785), συνάγεται ότι η Ιερά Μονή βρισκόταν υπό την πνευματική δικαιοδοσία της επισκοπής Βοδενών, της αρχιεπισκοπής Αχρίδος μέχρι το έτος 1767.
Με την κατάργηση της αρχιεπισκοπής το έτος 1767 και την προαγωγή των επισκοπών της σε Μητροπόλεις, οι οποίες υπήχθησαν απευθείας πλέον στο Οικουμενικό Πατριαρχείο, καθορίζεται και η εκκλησιαστική επικράτειά τους, με την Ιερά Μονή να περιλαμβάνεται πλέον στην επικράτεια του καζά (διοικητική διαίρεση) Βοδενών. Στις αρχές του 19ου αιώνα, στην περίοδο των Βαλκανικών πολέμων, η Ιερά Μονή, όπως και όλη η περιοχή της Ναούσης, βρίσκεται στη δίνη των πολεμικών συγκρούσεων για την κυριαρχία των τουρκικών, βουλγαρικών ή ελληνικών δυνάμεων. Κατά την καταστροφή της πόλεως της Ναούσης το έτος 1822, το μετόχιο της Μονής στη Νάουσα διεσώθη, μαζί με αρκετά γυναικόπαιδα που είχαν καταφύγει μέσα σ΄ αυτό.
Μετά την απελευθέρωση της Μακεδονίας κατά τα έτη 1912 – 1913, η Ιερά Μονή λειτούργησε ως «ενοριακή», πιθανώς χωρίς μοναχούς, υπό διαχειριστικές επιτροπές. Μαρτυρίες παρουσίας μοναχών υπάρχουν στα τελευταία χρόνια της δεκαετίας του 1930, οπότε και εγκαταβιώνουν δύο μοναχοί, προερχόμενοι πιθανώς από την Ιερά Μονή Ξηροποτάμου του Αγίου Όρους. Το έτος 1938 αναφέρεται η κουρά του μοναχού Μελετίου, ο οποίος αργότερα, για μεγάλο χρονικό διάστημα, είχε τη φροντίδα ενός άτυπου ορφανοτροφείου στη Νάουσα. Η Ιερά Μονή Τιμίου Προδρόμου υπέστη άλλη μία καταστροφή, από γερμανικές δυνάμεις αυτή τη φορά, κατά τα έτη 1942 – 1943 και από το 1950, η Ιερά Μονή περιέρχεται πλέον στη δικαιοδοσία της Ιεράς Μητροπόλεως Βεροίας, Ναούσης και Καμπανίας.
Η μονή εορτάζει στην Αποτομή της Τιμίας Κεφαλής του Αγίου Ιωάννου του Προδρόμου, στις 29 Σεπτεμβρίου με αρχιερατική θεία λειτουργία και με πλήθος κόσμου να συρρέει.Ενδιαφέρον είναι και το έθιμο να στήνονται καζάνια όπου βράζουν παραδοσιακή φασολάδα και μοιράζεται στους προσκυνητές. Στην Μονή υπάρχει σήμερα δραστήρια γυναικεία μοναχική αδελφότητα