Ο ναός βρίσκεται στην αρχή της οδού Ολύμπου ,νότια της αφετηρίας της οδού Αγίου Δημητρίου, και σχετικά κοντά στην οδό Λαγκαδά. Ήταν χτισμένος κοντά στα δυτικά τείχη της Θεσσαλονίκης και νότια της κατεδαφισμένης Ληταίας Πύλης του δυτικού τοίχους της παλαιάς πόλης. Ο ναός κτίστηκε στις αρχές του 14ου αιώνα μ.Χ (μεταξύ 1312 και 1315) από τον Πατριάρχη Κωνσταντινουπόλεως Νίφωνα Α’ (1310-1314 μ.Χ) και το μαθητή του, ηγούμενο Παύλο. Οι ιδρυτές του ναού προκύπτουν από την επιγραφή ”Πατριάρχης και κτήτωρ” στο υπέρθυρο της εισόδου , από τα μονογράμματα (συμπιλήματα) στα κιονόκρανα της δυτικής όψης και από τις κεραμοπλαστικές επιγραφές στη δυτική και νότια όψη. Γραπτή επιγραφή ,στον ανατολικό τοίχο του νάρθηκα, μνημονεύει τον ίδιο Πατριάρχη και το μαθητή του, ηγούμενο Παύλο, ως πρώτο και δεύτερο κτήτορα, αντίστοιχα, ”της σεβασμίας Μονής ταύτης”.
Αρχιτεκτονικά στοιχεία , όπως το τμήμα ενός πρόπυλου (πυλώνας), νότια του ναού και η κινστέρνα (υδατοδεξαμενή) με χωρητικότητα 750 περίπου κυβικών μέτρων νερού στα βορειοδυτικά, καθώς και καλλιτεχνικά στοιχεία , όπως η τοιχογραφία του ηγούμενου Παύλου να προσεύχεται γονατιστός μπροστά από την ένθρονη Θεοτόκο στο υπέρθυρο της εισόδου προς τον κυρίως ναό και τέλος η θεματογραφία της εικονογράφησης της στοάς με θέματα από τον κύκλο της ζωής της Παναγίας ενισχύουν την υπόθεση ότι ο ναός ήταν καθολικό μεγάλης βυζαντινής μονής, αφιερωμένης στη Θεοτόκο (ίσως της Μονής της Θεοτόκου Γοργοεπηκόου).
Περί το 1520-1530 η μονή μετατράπηκε σε τζαμί με την επωνυμία Σοούκ Σου Τζαμί (= τζαμί του κρύου νερού) από την υδατοδεξαμενή του ναού. Τότε σκεπάστηκαν με κονίαμα τα ψηφιδωτά και οι τοιχογραφίες του ναού, αφαιρέθηκαν οι χρυσές ψηφίδες από τον κάμπο των ψηφιδωτών και προστέθηκε στη ΝΔ γωνία ένας μίναρες.
Η επωνυμία του ναού, «Άγιοι Απόστολοι», είναι γνωστή από το19ο αιώνα και οφείλεται στη λαϊκή δοξασία περί κάλυψης του ναού με δώδεκα θόλους, που συμβολίζουν τους δώδεκα αποστόλους. Μετά την Απελευθέρωση της Θεσσαλονίκης από τον Ελληνικό Στρατό το 1912, με τις επίπονες προσπάθειες της Ελληνικής Αρχαιολογικής Υπηρεσίας, και σταδιακά έως το 2002 αποκαλύφτηκαν οι τοιχογραφίες από το 1926 και εξής και καθαρίσθηκαν εξ’ ολοκλήρου τα ψηφιδωτά του ναού . Μετά τους σεισμούς του 1978 έγιναν εργασίες στερέωσης.
Ο κυρίως ναός είναι διακοσμημένος με αριστουργηματικά ψηφιδωτά από τα κιονόκρανα και πάνω. Τα ψηφιδωτά αυτά αποτελούν το τελευταίο ψηφιδωτό σύνολο της Θεσσαλονίκης και ένα από τα τελευταία, προτού αρχίσει η πτωτική πορεία του Βυζαντίου και αποκαλύφθηκαν μόλις το, ενώ η πλήρης αποκατάστασή τους ολοκληρώθηκε το 2002, κατά τη διάρκεια αναστηλωτικών εργασιών . Η ψηφιδωτή διακόσμηση ξεκίνησε επί Πατριαρχίας του Νήφωνα , χωρίς δυστυχώς να ολοκληρωθεί ( η αψίδα και οι κόγχες του Ιερού δεν έχουν εικονογραφηθεί) , γιατί στο μεταξύ απομακρύνθηκε ο Νήφων από τον πατριαρχικό Θρόνο και το μοναστήρι δεν είχε πια τους οικονομικούς πόρους, που του εξασφάλιζε η πατριαρχική χορηγία.
Η εικονογραφία των ψηφιδωτών συνδέεται με σύνολα που συναντώνται σε ναούς της Κωνσταντινούπολης , όπως της Μονής της Χώρας και της Μονής Παμμακαρίστου , που χαρακτηρίζονται από κομψότητα , ευγένεια και χάρη. Διατηρεί, ωστόσο, ταυτόχρονα την ιδιαίτερη τεχνοτροπία που επικρατούσε στη Θεσσαλονίκη και τη Μακεδονία την περίοδο της παλαιολόγειας αναγέννησης.
Βαθύτερη μελέτη των ψηφιδωτών οδήγησε στο συμπέρασμα ότι στα ψηφιδωτά του ναού εργάστηκαν δύο ψηφιδογράφοι, με ιδιαίτερες τεχνικές ο κάθε ένας . Ο ένας , επηρεασμένος από την τεχνοτροπία της Κωνσταντινούπολης , χρησιμοποίησε μικρές ψηφίδες , έτσι ώστε τα ψηφιδωτά του να μοιάζουν περισσότερο με τοιχογραφίες , πετυχαίνοντας την ομαλή μετάβαση των τόνων από το ένα χρώμα στο άλλο καταδεικνύοντας την ευγένεια και την χάρη των μορφών (βλέπε φωτογραφία ψηφιδωτού Βαιφόρου), ενώ ο δεύτερος , επηρεασμένος από την Μακεδονική σχολή , έδωσε έμφαση στην καθαρότητα των μορφών του με έντονες χρωματικές αντιθέσεις χρησιμοποιώντας μεγαλύτερες ψηφίδες.
Η εκκλησία των Αγίων Αποστόλων αποτελεί μνημείο παγκόσμιας πολιτιστικής κληρονομιάς της ΟΥΝΕΣΚΟ από το 1988. Εντάχθηκε στη λίστα μαζί με άλλα Παλαιοχρηστιανικά και βυζαντινά μνημεία της Θεσσαλονίκης όπως η Ροτόντα, ο ναός του Αχειροποίητου, ο ναός του Αγίου Δημητρίου, η Μονή Λατόμου, ο ναός της Αγίας Σοφίας, η Παναγία των Χαλκέων, ο ναός του Αγίου Νικολαόυ Ορφανού και ο ναός του Αγίου Παντελεήμονα.
ΤΑΣΟΣ ΛΕΟΝΤΙΑΔΗΣ